Михаилу Ходорковскому предъявлено обвинение по шести статьям уголовного кодекса РФ. Как стало известно «Газете.Ru», это «мошенничество» (статья 159 УК РФ), «Неисполнение приговора суда, решения суда или иного судебного акта» (315), «Уклонение физического лица от уплаты налога или страхового взноса в государственные внебюджетные фонды» (198), «Уклонение от уплаты налогов и страховых взносов в государственные внебюджетные фонды с организаций» (199), «Причинение имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием» (165), «Подделка, изготовление или сбыт поддельных документов, государственных наград, штампов, печатей, бланков» (327).
По данным «Интерфакса» кроме того, Ходорковскому предъявлено обвинение «в злостном неисполнении вступившего в законную силу решения суда, причинении имущественного ущерба собственникам путем обмана, подделке официальных документов, совершенной неоднократно, присвоении или растрате». Все обвинения предъявлены в ходе расследования дела ОАО «Аппатит», НИИ УИФ ЗАТО «Лесной». В настоящее время Ходорковского перевозят в Басманный суд где будет предъявлено обвинение. Источники полагают, что версии политиков о том, что Ходорковского выпустят сегодня скорее всего не оправдаются.